症状を含めたその患者の状態を証と呼び、証によって治療法を選択する。証を得るためには、現病歴を聞き腹診等を行うだけではなく、患者を医師の五感でよく観察することがまず必要である。
証の分類と治療法の選択について様々な理論化がなされたが、例えば気血水理論では、人間の体の中を巡っている「気」(仮想的な「生命エネルギー」のようなもの)、「血」(西洋医学の血液ではない)、「水」(同じく西洋医学のリンパ液ではない)の流れをバランスよく滞りない状態にするのが狙いになる。また、陰陽五行説も用いられた。
このような非還元主義的な手法はもちろん実際の所、漢方が用い得た方法論的な限界によるものだが、臨床検査データに頼りがちな現在の医療に対してある程度補完的な役割を果たしている。また、患者を医師の五感でよく観察すべし、という診察の心得はあらゆる医師にとって戒めになるであろう。
西洋医学では、患者の徴候から疾患を特定し(診断)、その疾患に応じた治療を行う。漢方では、治療法を決定すること自体が最終的な証となる。例えば葛根湯が最適な症例は葛根湯証であるという。治療法を決定するためには四診(望、聞、問、切)を行う。
陰陽は様々な文脈で用いられた。例えば『傷寒論』では病状を陽と陰に分類し、それを更に三分類する。これを三陰三陽といい、太陽病、少陽病、陽明病、太陰病、少陰病、厥陰病である。大略病状が活動的で、表に現れる場合を「陽」と表現し、逆の場合を「陰」と表現する。
『傷寒論』では分類用語であった陰陽は、宗代になると哲学的な文脈でも用いられた。同時に五行説が取り入れられるようになった。五行と五臓(西洋医学の臓器とは異なる概念である)との対応は次のように考えられた。
実は体力の充実している状態、虚は体力の衰えている状態であるが、体のどこが虚しているかが重要である。
気血水説は古医方を唱えた吉益東洞の考えを、長男の南涯が敷衍した理論である。
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